חברה קדישא ראשון לציון בשיתוף המשרד לשירותי דת, הקדישה חלקות קבר ייעודיות בבית העלמין ״גני אסתר״, בסמוך לחלקת הסנהדרין, בהן נטמנו השרידים והממצאים שנאספו מאלפי חללי הטבח הנורא שבוצע בשבעה באוקטובר ונופלי מלחמת ״חרבות ברזל״.
בימים הראשונים שלאחר האסון, הפכה חברה קדישא ראשון לציון למוקד לאומי מרכזי. מאות גופות של קדושים וקדושות הובאו אל מרכז הטהרה שרק הושלמה בנייתו, שם עמלו עובדות ועובדי החברה קדישא, יחד עם מתנדבות ומתנדבים מסורים, במשימה הקשה והרגישה ביותר: לטהר, לזהות, ולהכין לקבורה את החללים והנופלים. במשך שבועות, עבדו לילות וימים, כמעט ללא הפסקה, מתוך תחושת שליחות ואמונה.
הרב ניסים אלקסלסי, מנכ״ל חברה קדישא ראשון לציון: ״עבודת הקבורה של חללי טבח שמחת תורה לא הסתיימה. גם היום, שנה וחצי אחרי, אנחנו ממשיכים להביא לקבורת ישראל שרידים וממצאים שמובאים אלינו. זוהי שליחותנו. אני מודה לקדוש ברוך הוא שהייתה לנו את הזכות לעמוד ולטפל בקדושים והטהורים שנרצחו על ידי בני עוולה. יהי זכרם ברוך״.